La guerra de secesión de Estados Unidos obligo la venta de su algodón por el puerto Bagdad situado en la desembocadura del Bravo, lo que originó una bonanza económica en Matamoros que se recuerda como "la época de los algodones", coincidiendo con la intervención francesa al mando del General Tomás Mejía.

En el año 1851 los generales José María Carvajal y José María Canales atacaron Matamoros con la bandera del Plan de la Loba. Los matamorenses dirigidos por su presidente Macedonio Capistrán y el general Francisco Ávalos derrotaron a sus contrincantes después de diez días de combate, por este suceso Matamoros ganó los títulos de Invicta y Heroica otorgados por el Gobierno del Estado.

Al año siguiente, el Congreso Federal le otorgó el título de Leal, que hasta la fecha conserva.

Hacia 1876 el General Porfirio Díaz tomó la ciudad para su Plan de Tuxtepec que modificó en el rancho de Palo Blanco, municipio de Matamoros, y recibió el apoyo del general matamorense Manuel González que pronto sería Presidente de la República.

En 1903 Jaime Nunó llegó a Matamoros, en el Teatro de la Reforma dirigió el Himno Nacional que había compuesto 49 años antes.

En el período de la Revolución, el 30 de agosto de 1913 en lo que fuera la pequeña hacienda llamada Los Borregos perteneciente a Félix Díaz, sobrino de Don Porfirio, Lucio Blanco realizó el primer reparto agrario del país.

A partir de esa fecha Matamoros se convirtió en una de las ciudades más leales e importantes para la Revolución Constitucionalista, y más concretamente Carrancista ya que su situación fronteriza le facilitaba la adquisición de material de guerra.

De febrero a abril de 1915 los villistas pretenden conquistar Matamoros y son derrotados por el General Emiliano P. Nafarrate.

En noviembre de 1915 el Primer Jefe del Ejército Constitucionalista Venustiano Carranza, visitó Matamoros pronunciando un importante discurso en el que establece las bases de la Doctrina Carranza que se fundamenta en los principios de la autodeterminación y no intervención que hasta la fecha son la base de la política exterior mexicana.